研究报告

甘蓝型油菜 BnaSVB 基因的克隆及 DUF538 基因家族的鉴定  

燕佳琦 , 李萍 , 张鹤 , 张燕 , 秦梦凡 , 王凯 , 张琪 , 徐爱遐 , 黄镇
西北农林科技大学农学院, 杨凌, 712100
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2022 年, 第 20 卷, 第 1 篇   
收稿日期: 2020年10月14日    接受日期: 2020年11月01日    发表日期: 2022年04月28日
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摘要
为了研究甘蓝型油菜(Brassica napus L.)SVB 基因的功能以及甘蓝型油菜 DUF538 基因家族的特性,本研究在甘蓝型油菜耐盐品系 862 中克隆了 BnaSVB 基因的 CDS 序列,并首次在甘蓝型油菜全基因组中鉴定出 DUF538 基因家族。生物信息学分析结果显示,BnaSVB 基因 CDS 序列长 468 bp,编码 155 个氨基酸,含有一个未知功能的 DUF538 结构域;BnaSVB 基因和 SVB 基因编码蛋白理化性质相似,均属于亲水性蛋白,磷酸化位点较高,无跨膜区域;它们的一级、二级结构相似,三级结构存在显著差异,又存在 10 处氨基酸的差异位点,其中还包含两处氨基酸位点的缺失,这可能会造成它们基因功能的不同。本研究利用 Hm-mer 3.1 和 blastp 首次在甘蓝型油菜全基因组中鉴定并筛选出了 78 个 DUF538 基因家族成员,将其分为三个亚族,并对其家族成员基因结构、蛋白理化性质、染色体定位、motif、系统进化做了初步分析,以期为该基因的进一步研究打下基础。
关键词
甘蓝型油菜(Brassica napus L.);BnaSVB 基因;DUF538 结构域;基因家族;生物信息学分析

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《分子植物育种》印刷版
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